Het korte antwoord is dat het maïsgenoom groot is en een groot aantal duplicatiegebeurtenissen heeft. Ongeveer 80% van het genoom wordt herhaald. Het is moeilijk om genomen met een groot aantal duplicaties samen te stellen, omdat onze sequencing-technologie praktisch op zijn best ~ 500 basenparen kan geven. Het achterhalen van de volgorde van gedupliceerde regio's is afhankelijk van scaffold-sequenties of vergelijkende assemblage met rijstgenoom.

Waarom was het decoderen van het genoom zo belangrijk? Omdat het decoderen van het genoom ons een compleet beeld geeft van de genetische samenstelling van een organisme.

Wat maakte het zo moeilijk ? De zich herhalende reeksen zoals genoemd door andere mensen vormen een groot probleem. Stel je voor dat je een grote puzzel probeert te voltooien met miljoenen stukjes. Elk stuk vertegenwoordigt een opeenvolging van waarden die we uit het experiment krijgen. Als er zich herhalende sequenties in het genoom bevinden, zouden de stukjes die deze regio's vertegenwoordigen er in feite erg op lijken (of zelfs volledig identiek). Dit zou de puzzel ongetwijfeld erg moeilijk maken om te voltooien. Om een ​​schaal te geven: het maïsgenoom is ~ 2,3 miljard basenparen en elke sequencing is < 1000 basenparen.