Vraag:
Waarom was het zo moeilijk om het maïsgenoom te decoderen?
Gabriel Fair
2011-12-24 11:52:25 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Mijn opgroeiende leraren vertelden me dat het onmogelijk was om het maïsgenoom te decoderen. Maar toch is het gedaan.

Waarom was het ontcijferen van het genoom zo belangrijk, en wat maakte het zo moeilijk?

Als ik het me goed herinner: het is enorm en heeft veel repetitieve regio's. Het is erg moeilijk om herhalingen * de novo * nauwkeurig te sequencen met high fidelity.
Twee antwoorden:
#1
+23
Damian Kao
2011-12-24 12:48:36 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Het korte antwoord is dat het maïsgenoom groot is en een groot aantal duplicatiegebeurtenissen heeft. Ongeveer 80% van het genoom wordt herhaald. Het is moeilijk om genomen met een groot aantal duplicaties samen te stellen, omdat onze sequencing-technologie praktisch op zijn best ~ 500 basenparen kan geven. Het achterhalen van de volgorde van gedupliceerde regio's is afhankelijk van scaffold-sequenties of vergelijkende assemblage met rijstgenoom.

#2
+9
chkuo
2012-01-06 00:13:34 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Waarom was het decoderen van het genoom zo belangrijk? Omdat het decoderen van het genoom ons een compleet beeld geeft van de genetische samenstelling van een organisme.

Wat maakte het zo moeilijk ? De zich herhalende reeksen zoals genoemd door andere mensen vormen een groot probleem. Stel je voor dat je een grote puzzel probeert te voltooien met miljoenen stukjes. Elk stuk vertegenwoordigt een opeenvolging van waarden die we uit het experiment krijgen. Als er zich herhalende sequenties in het genoom bevinden, zouden de stukjes die deze regio's vertegenwoordigen er in feite erg op lijken (of zelfs volledig identiek). Dit zou de puzzel ongetwijfeld erg moeilijk maken om te voltooien. Om een ​​schaal te geven: het maïsgenoom is ~ 2,3 miljard basenparen en elke sequencing is < 1000 basenparen.



Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...