Vraag:
Hoe kunnen randeffecten worden verminderd in celgebaseerde experimenten met hoge doorvoer?
Vebjorn Ljosa
2011-12-15 03:32:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

In experimenten met hoge doorvoer waarbij cellen worden gekweekt, behandeld, gekleurd en afgebeeld in microplaten met 384 putjes, zie ik vaak significante randeffecten. De volgende grafiek toont bijvoorbeeld het aantal cellen (zoals gemeten door CellProfiler uit afbeeldingen) voor elk putje op zo'n plaat:

Example of edge effects

Hoe kan ik deze effecten verminderen? Ik kan proberen ze statistisch te corrigeren, maar het zou zoveel leuker zijn om ze in de natte werkfase te verminderen.

Een antwoord:
#1
+12
Vebjorn Ljosa
2011-12-15 03:42:57 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Lundholt et al. beschrijven een heel eenvoudige truc: laat de platen een paar uur in de lucht bij kamertemperatuur komen voordat je ze in de incubator plaatst. We hebben het uitgeprobeerd en hoewel de kleurenschalen in de volgende grafieken verschillen, is het gemakkelijk te zien dat het echt helpt:

Transferred directly to incubator Left out for 1 h Left out for 2 h

(Met dank aan Sigrun Gustafsdottir en Kate Madden voor het testen van dit.)

Ik heb gezien dat sommige mensen de plaat "opvullen" door alleen de 308 binnenste putjes te gebruiken en de 76 randputjes te vullen met alleen vloeistof, maar ik hebben geen gegevens over hoe goed dat werkt.

Allison Tanner van Corning heeft verzamelde een compendium van technieken om het optreden van onregelmatige patronen van celadhesie of 'randeffect' in microplaten te verminderen . Kort samengevat:

  1. Vermijd bellenvorming in de media bij het zaaien van cellen.
  2. Gebruik celoogstmethoden die een adequate menging van de cellen in de media en een volledige dissociatie van de monolaag bevorderen in afzonderlijke cellen.
  3. Zaadcellen met een dichtheid die hechting en groei ondersteunt.
  4. Laat celhechting plaatsvinden in media met de juiste formulering voor het specifieke celtype.
  5. Doseer cellen in een geschikt volume media.
  6. Volg strikte aseptische technieken volgens gerespecteerde microbiologische praktijken.
  7. Culturen moeten routinematig worden gecontroleerd op mycoplasmale besmetting.
  8. Minimaliseer de toegang tot incubatoren om fluctuaties in de interne omgeving te helpen verminderen.
  9. Laat cellen zich in de microtiterplaten nestelen terwijl de microtiterplaten zich op de tafel bevinden.
  10. Kweek cellen in een omgeving dat de vorming van statische elektrische ladingen vermindert.


Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...