Vraag:
Kan siRNA DNA-methylatie in zoogdiercellen induceren?
Mad Scientist
2011-12-16 15:00:37 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Enkele jaren geleden publiceerden Hiroaki Kawasaki en Kazunari Taira een artikel met de titel "Inductie van DNA-methylatie en genuitschakeling door korte storende RNA's in menselijke cellen" in Nature:

In planten kunnen dsRNA's gericht op CpG-eilanden binnen een promoter ook RNA-gerichte DNA-methylatie induceren 3, 4, 5, 6, 7, 8 ; het blijft echter onduidelijk of gen-silencing, gemedieerd door DNA-methylatie, kan worden geïnduceerd door dsRNA's in zoogdiercellen. Hier laten we zien dat korte interfererende RNA's (siRNA's; 21-25-nucleotide RNA-moleculen) DNA-methylering en histon-H3-methylering in menselijke cellen induceren.

Dit artikel leek aan te tonen dat siRNA ook het op lange termijn tot zwijgen brengen van genen door DNA-methylatie in zoogdiercellen induceren, wat niet eerder is waargenomen. Helaas werd de paper later ingetrokken, waardoor de resultaten in twijfel werden getrokken.

Ik vond de paper destijds erg opwindend, omdat het de mogelijkheid suggereerde om gentherapie uit te voeren, om het zwijgen op te leggen specifieke genen, gewoon door RNA-interferentie te gebruiken.

Wat is de huidige wetenschappelijke consensus hier, is er enig overtuigend bewijs dat siRNA-geïnduceerde DNA-methylatie mogelijk is in zoogdiercellen? Heeft iemand de resultaten van Kawasaki en Taira kunnen repliceren?

Een antwoord:
#1
+15
Rik Smith-Unna
2012-02-01 06:05:33 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Uit een kort overzicht van de literatuur blijkt dat Kawasaki en Taira voor en na hun paper grotendeels door de gemeenschap zijn gerechtvaardigd. De intrekking was alleen door Taira, Kawasaki weigerde mee te ondertekenen omdat hij beweerde dat de gegevens geldig waren. Vanaf de terugtrekking lijkt het erop dat de reden voor de terugtrekking een verloren laboratoriumboek was.

Voorafgaand aan het Kawasaki en Taiga-artikel waren er al verschillende andere artikelen die RNAi-geïnduceerde epigenetische modificatie bij zoogdieren beschrijven:

Toen was er het jaar daarop nog een paper van Kawasaki & Taira, die niet werd ingetrokken:

En het lijkt erop dat het idee nu algemeen wordt geaccepteerd en ondersteund door een flink aantal andere onderzoeken, die voornamelijk kijken naar kiembaancellen . Bijvoorbeeld:

Er is geen recensie die ik kon vinden die alles echt overtuigend met elkaar verbindt, maar er zijn verschillende recensies over RNAi gerichte histon- en chromatine-modificatie in het algemeen die vermelden dat het feit nu is vastgesteld bij zoogdieren:

De kiemcelverwijzing (Carmell et al., 2007) beschrijft geen siRNA, maar behandelt een geheel andere klasse van kleine RNA's, piRNA genaamd (in het artikel noemden ze ze rasiRNA, maar piRNA is nu een veelgebruikte nomenclatuur) . Er zijn cruciale verschillen tussen siRNA en piRNA (grootteverdelingen en eiwitten waarmee ze associëren) en ze mogen niet worden verwisseld.
Ik bladerde door de recensie van Joshua-Tor en Hannon (2010) die u citeerde en ik heb geen melding gemaakt van siRNA's die DNA-methylatie (of histonmodificatie) bij zoogdieren aansturen. Sorry als ik het heb gemist, kunt u de relevante zin citeren?
@Sergei je hebt gelijk! Dat artikel noemt eigenlijk piRNA-gerichte methylatie, in plaats van siRNA. Ik laat het in het antwoord achter, aangezien het nog steeds relevant is voor de vraag.


Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...