Vraag:
Alternatieve genetische codes in nieuw gesequentieerde organismen
Daniel Standage
2011-12-22 11:35:08 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Variaties op de standaard genetische code zijn vrij zeldzaam, maar naarmate de kosten van high-throughput genoomsequencing blijven dalen, is er een grotere kans om extra uitzonderingen te ontdekken. Dat gezegd hebbende, ligt er in genoomprojecten een duidelijke nadruk op nucleotide (genoom en transcriptoom) sequencing, met veel minder (of geen) inspanning in proteomics-werk (corrigeer me als ik het mis heb).

Laten we aannemen dat we het genoom van een nieuw organisme sequencen en dat we ons volledig richten op genoom- en transcriptoomsequencing - geen proteomics. Laten we ook aannemen dat dit organisme kleine variaties heeft op de standaard genetische code. Zou het mogelijk zijn om dit genoom (voor eiwitcoderende genen) volledig onjuist te annoteren aangezien de genvoorspellingssoftware geen rekening houdt met deze variaties, of zou het vrij duidelijk zijn? Wat zou je in dit geval verwachten?

Uw vraag is erg vaag. Kunt u specifieker en / of concreter zijn? Er zijn een tiental sequentietechnologieën en nog meer variaties op de genetische code.
Misschien komt de vaagheid voort uit het feit dat ik niet weet wat ik kan verwachten als ik het genoom van een organisme zou willen annoteren dat een alternatieve genetische code gebruikt. Mijn fundamentele vraag is: zou ik het überhaupt kunnen vertellen? Is dat niet duidelijk uit de oorspronkelijke vraag?
Ik denk dat dat een duidelijke vraag is.
Drie antwoorden:
#1
+6
chkuo
2012-01-06 00:34:08 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Als het organisme een alternatieve code gebruikt, bevatten de voorspelde eiwitsequenties altijd hetzelfde type aminozuursubstitutiefouten. Dit patroon zou duidelijk moeten worden als je de eiwitten vergelijkt met andere organismen. In werkelijkheid gebruikt de meest voorkomende alternatieve code UGA voor tryptofaan in plaats van de gebruikelijke stop. Als je de fout maakt om de standaardcode voor deze genomen te gebruiken, zouden de voorspelde genen sterk gefragmenteerd raken, zodat het bijna onmogelijk is om niet op te merken.

#2
+3
KAM
2011-12-22 19:45:44 UTC
view on stackexchange narkive permalink

U hebt gelijk dat u zich een beetje zorgen maakt, vooral met mitochondriale genomen (waar niet-standaard genetische codes vaker voorkomen). Naast het gebruik van niet-standaard codes moet u ook RNA-bewerking (gewijzigde codons of verwijderde / ingevoegde nucleotiden om leeskaders te verschuiven) en speciale aminozuren (bijv. Selenocysteïne) overwegen. Al met al is de nadruk op DNA-sequentie om de eiwitstructuur af te leiden in de meeste gevallen veilig, maar wees niet verrast door verschillen (voor bepaalde genen of voor hele organismen).

#3
+2
Thomas Ingalls
2011-12-22 13:09:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Het korte antwoord is ja, je zou kunnen eindigen met veel fouten. Kijk hier voor meer details:

NCBI: "The Genetic Codes"



Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...