Vraag:
Hoe blijven CpG-eilanden ongemethyleerd?
nico
2011-12-30 16:26:00 UTC
view on stackexchange narkive permalink

In de meeste van het genoom zijn CpG-sites vrijwel altijd gemethyleerd, maar CpG-eilanden zijn in plaats daarvan vaak ongemethyleerd. Dit is in verband gebracht met het feit dat ze vaak worden geassocieerd met getranscribeerde genen.

Wat zijn de huidige theorieën over de mechanismen die betrokken zijn bij deze preferentiële demethylering?

Een antwoord:
#1
+11
KAM
2011-12-30 17:47:05 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Methylering wordt steeds meer gezien als een gevolg van genactiviteit in plaats van een regulerend mechanisme. Er zijn gevallen waarin methylering wordt gecontroleerd vanwege door genregulerende controle, vooral op de beroemde H19 / Igf2-locus [ 1] . Hier is een over het algemeen goede recente recensie [ 2] , merk op dat ze vermelden dat DNA-methylatie geen transcriptionele silencing veroorzaakt, en waarschijnlijk zijn gemethyleerde promotors meer actief dan ongemethyleerd, ze creëren alleen silencing RNA's wanneer ze gemethyleerd zijn (resulterend in een schijnbare silencing). Dit kan een deel van het verhaal [ 3] helpen verklaren, maar let op hoe oud dat papier is, maar over het algemeen zou ik zeggen dat maar weinig mensen weten dat het bestaat.

De uitzondering lijkt te zijn transponeerbare elementen [ 4] , maar hun controle wordt waarschijnlijk ook gecontroleerd door RNA's tot zwijgen te brengen.

Referenties:

  1. Zampieri M, Guastafierro T, Calabrese R, Ciccarone F, Bacalini MG, Reale A, Perilli M, Passananti C, Caiafa P . 2012. ADP-ribosepolymeren gelokaliseerd op het Ctcf-Parp1-Dnmt1-complex voorkomen methylering van Ctcf-doelwitplaatsen. The Biochemical journal 441: 645–52.

  2. Deaton AM, Bird A . 2011. CpG-eilanden en de regulering van transcriptie. Genen & ontwikkeling 25: 1010-22.

  3. Rountree MR, Selker EU . 1997. DNA-methylering remt de verlenging maar niet de initiatie van transcriptie in Neurospora crassa. Genes & Development 11: 2383–2395.

  4. Bourc’his D, Bestor TH . 2004. Meiotische catastrofe en reactivering van retrotransposon in mannelijke geslachtscellen zonder Dnmt3L. Nature 431: 96-9.

Dit kwam slechts enkele uren geleden uit (http://www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pgen.1002422). Imprinting van het maternale SNRPN-allel (dat niet-gemethyleerd is) vereist transcriptie, wat nogmaals onderstreept dat methylering een gevolg is van transcriptionele silencing, in plaats van causaal bij gen-silencing.


Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...