Vraag:
Wanneer slaagt BLAST er niet in om 2 DNA-sequenties op één lijn te brengen?
ablmf
2011-12-17 01:07:09 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Dit is een opdracht die me lange tijd in verwarring had gebracht. Dus ik denk dat jullie die computationele biologie studeren, misschien geïnteresseerd zijn. De oorspronkelijke vraag is:

Vind de twee meest vergelijkbare DNA-sequenties met een lengte van 20 die Blast met een woordlengte van 5 niet zal uitlijnen.

Twee antwoorden:
#1
+14
user59
2011-12-17 01:56:42 UTC
view on stackexchange narkive permalink

BLAST werkt door een perfecte overeenkomst te vinden tussen reeksen met een lengte die gelijk is aan deze "woordlengte" en deze vervolgens op een standaardmanier te vergroten - maar er zal geen uitlijning zijn zonder dit perfect overeenkomende woord.

Dus in jouw geval moet je zoeken naar twee reeksen van 20 bp zonder gemeenschappelijke subreeks van 5 bp; bijvoorbeeld:

  AAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  

en

  AAAACAAAACAAAACAAAAC  
Ja, dit is het standaardantwoord. Maar let op: BLAST werkt anders met proteïne. Daarom bracht het me een tijdje in verwarring.
Is "woordlengte" == k-tuple?
@StudentT Precies k in k-tuple.
#2
-1
user1503
2012-10-08 02:18:06 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ik weet niet zeker of ik BLAST goed begrijp.

Wanneer BLAST wordt gebruikt in DNA en eiwit, zijn ze verschillend. Er is een drempelwaarde T in de stap van het "zaaien" van eiwitten, wat betekent dat de zaaivolgorde niet perfect op elkaar is afgestemd. Het lijkt er echter op dat er geen T in de seeding-stap zit en we zijn op zoek naar een perfecte match en deze uitbreiden naar de aangrenzende sequentie.

Dus als er geen exacte overeenkomst met woordlengte 5 is tussen deze 2 reeksen, zal BLAST mislukken.

Ik ben bang dat ik niet begrijp wat u hier probeert te zeggen. Kunt u het verduidelijken?


Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...