Vraag:
Alternatieven voor ethidiumbromide voor het kleuren van kleine nucleïnezuren?
Mad Scientist
2012-01-03 21:35:28 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Hoewel ethidiumbromide goed werkt voor het kleuren van grotere enkelstrengs RNA- of dubbelstrengs DNA-moleculen, kleurt het niet zo goed kleinere nucleïnezuren. Ik merkte op dat bij ongeveer 20 basen en lager enkelstrengs nucleïnezuren moeilijk te zien zijn met EtBr-kleuring, tenzij de nucleïnezuren sterk geconcentreerd zijn.

Wat zijn goede alternatieven voor het waarnemen van kleine nucleïnezuren in polyacrylamidegels? De belangrijkste overweging zou gebruiksgemak zijn, en het zou mogelijk moeten zijn zonder ongebruikelijke apparatuur.

Twee antwoorden:
#1
+8
harpalss
2012-01-04 00:16:23 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Een lijst met kleurstoffen is hier beschikbaar en een lijst met kleurstoffen die specifiek zijn voor nucleïnezuren is hier beschikbaar. Ik denk dat je twee keuzes hebt, de SYBR Gold nucleïnezuurgelkleuring (S11494) die kan worden gedetecteerd onder UV-licht (niet zeker of het kan worden gebruikt met polyacrylamidegels). Uw andere optie die kan worden gebruikt met polyacrylamidegels is de SYBR Green II RNA-gelkleuring (S7564, S7568, S7586), deze vlek kan worden gedetecteerd met UV-licht na elektroforese. Het vermeldt RNA in de naam, maar het kan ook worden gebruikt voor ssDNA.

Ik hoop dat dit helpt

#2
+7
bobtheowl2
2012-01-04 07:44:34 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ik zou denken dat GelRed of GelGreen ook een optie zou zijn. Ze beweren gevoeliger te zijn dan EtBr en zeker minder giftig (zelfs meer dan SYBR Green). Ik heb ze echter niet persoonlijk tegen zo'n klein bp-product gebruikt. GelRed heeft in principe dezelfde excitatie- / emissiegolflengten als EtBr, dus er is geen vervanging van apparatuur nodig.

Productblad

Store-link

Ik heb verschillende mensen horen klagen dat GelRed minder gevoelig is dan EtBr. Ook een interessante blogpost over de toxiciteit van EtBr en SYBR Green: http://rrresearch.fieldofscience.com/2006/10/heresy-about-ethidium-bromide.html.
Interessant. Ik heb geen vergelijking gemaakt, dus ik kan niet op de een of andere manier praten. Maar ik herinner me wel een soortgelijk artikel dat enige tijd geleden iets soortgelijks zei (EtBr is niet zo erg als je denkt, en SYBR Green is echt geen "veiliger alternatief" zoals geadverteerd).
Er bestaat niet zoiets als een ‘veilige’ DNA-fluorescerende kleurstof. De kleurstof werkt door tussen nucleotiden in DNA te intercaleren en het blijft daar. Als dat stukje DNA later wordt gekopieerd of gelezen, zal dit fouten veroorzaken. Afgezien hiervan intercaleert gemiddeld één molecuul EtBr tussen een van de drie nucleotiden (1 EtBr / 3 basen). Signaalsterkte voor EtBr of andere kleurstoffen is rechtevenredig met de massa en lengte van het DNA.


Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...