Vraag:
Wordt de exon-orde altijd behouden bij het splitsen?
Daniel Standage
2011-12-15 03:22:40 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Zijn er gevallen waarin de splitsingsmachine een mRNA construeert waarin de exons niet in de genomische volgorde 5 '-> 3' staan? Ik ben geïnteresseerd in dergelijke gevallen, of het nu gaat om constitutieve of alternatieve splitsing.

Als je order zegt, bedoel je dan zoiets als Exon 1 - Exon 3 - Exon 2 - Exon 4? of bedoel je gebeurtenissen zoals exon skipping?
Exon-overslaan-evenementen behouden de exon-orde. Dus ... ja, ik bedoel zoiets als je eerste voorbeeld.
Hoewel dit misschien niet is wat je vraagt, gezien een exon-sequentie E1E2E3E4, als E2 en E4 exact dezelfde sequentie hebben, zal het lijken alsof E1E2E3 en E1E3E2 uit dit gen kunnen worden gegenereerd.
Drie antwoorden:
#1
+16
user49
2011-12-15 04:13:21 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Na het uitvoeren van een snel literatuuronderzoek, ben ik, net als bij GWW, niet in staat om hier enige literatuur over te leveren, hoewel dit artikel van Black (2005) stelt dat exons in pre-mRNA's met meerdere exonen altijd op orde worden gehouden.

Black DL . 2005. Een eenvoudig antwoord op een raadsel over het splitsen. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 102: 4927-8..

Afzonderlijke componenten van het spliceosoom herkennen sequenties aan het begin en einde van elk intron, samen met een vertakkingspunt adenine en enkele andere geconserveerde (sterk in het geval van gist) gebieden stroomopwaarts van het 3'-uiteinde. De componenten lijken te assembleren in een bepaalde volgorde, die 5 'naar 3' directioneel is.

De algemene consensus lijkt te zijn dat het spliceosoom langs het pre-mRNA beweegt van 5 'naar 3' en de introns verwijdert en het samenvoegen van de exons om het volwassen transcript te vormen, klaar voor vertaling. De introns worden vervolgens afgebroken. In het geval van eukaryoten is enige bewerking vereist om het mRNA uit de kern naar de ribosomen in het cytoplasma te transporteren.

Het mRNA zou een startcodon hebben nabij het 5'-uiteinde en een stopcodon nabij het 3'-uiteinde. einde, aan de grenzen van de CDS, en het is mij niet duidelijk hoe deze structuur zou kunnen worden gehandhaafd als de exon-volgorde de 5 'naar 3' assemblage niet zou volgen. Ik kan me voorstellen dat het eiwit op een vergelijkbare manier kan worden aangetast als exon-skipping, mogelijk resulterend in een afgekapt, inactief of ineffectief eiwit. Omdat eiwitvouwing wordt bepaald door de interacties tussen de aminozuren, zal elke verandering in exon-volgorde (secundaire structuur) waarschijnlijk resulteren in een andere tertiaire structuur.

#2
+13
GWW
2011-12-15 03:52:58 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ik heb geen literatuur om dit te ondersteunen, maar ik betwijfel of het voorkomt (in ieder geval vaak).

Stel je bijvoorbeeld een eenvoudig drie exon-gen voor. Bij het splitsen van exon 1 naar exon 3 , zou exon 2 worden weggesneden als onderdeel van het intronlariat en vervolgens afgebroken. Dus om exon 2 te laten splitsen naar exon drie, moet je ofwel een splitsing hebben tussen exon 3 en exon 2 in het lariat of een andere kopie van het pre-mRNA . Dit wordt doorgaans trans-splitsing genoemd, maar komt alleen voor in gespecialiseerde systemen zoals gesplitste leadersequenties in C. elegans .

#3
+5
Alan Boyd
2012-09-13 13:36:24 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Er zijn verwijzingen in de literatuur naar het fenomeen 'exon-scrambling', wat u schijnt te vragen, maar de heersende opvatting is dat het bewijs voor dit proces, dat voortkomt uit het vergelijken van EST-sequenties met genoomsequenties, kan worden verklaard door het klonen van artefacten die optreden tijdens EST-karakterisering. Ik ben het er zeker mee eens dat er geen bewijs is voor een gen waarin de herschikking van exonen deel uitmaakt van de normale route voor het genereren van mRNA.

Shao et al. (2006) Bioinformatische analyse van exon-herhaling, exon-scrambling en trans-splicing bij mensen. Bioinformatics 22: 692-698

Er is ook meer recent bewijs van diepgaande sequencing voor herschikking van exon-volgorde via circulaire RNA's:

Salzman et al. (2012), Circulaire RNA's zijn de overheersende transcriptie-isovorm van honderden menselijke genen in verschillende celtypen PLOS ONE 7: e30733 DOI: 10.1371 / journal.pone.0030733

De meeste menselijke pre-mRNA's zijn opgesplitst in lineaire moleculen die de exon-volgorde behouden die wordt gedefinieerd door de genomische sequentie. Door diepgaande sequentiebepaling van RNA van een verscheidenheid aan normale en kwaadaardige menselijke cellen, vonden we RNA-transcripten van veel menselijke genen waarin de exons in een niet-canonieke volgorde waren gerangschikt. Statistische schattingen en biochemische testen leverden sterk bewijs dat een substantieel deel van de gesplitste transcripten van honderden genen circulaire RNA's zijn. Onze resultaten suggereren dat een niet-canonieke wijze van RNA-splitsing, resulterend in een circulaire RNA-isovorm, een algemeen kenmerk is van het genexpressieprogramma in menselijke cellen.

Overigens is het misschien het vermelden waard dat in het geval van het lectine concanavaline A het equivalente effect posttranslationeel wordt geproduceerd wanneer het eiwit herschikt.

Carrington et al. (1985) Polypeptideligatie vindt plaats tijdens posttranslationele modificatie van concanavaline A. Nature 313: 64-67



Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...