Vraag:
Wat is de optimale framegrootte voor voorspellingsmethoden voor secundaire eiwitstructuren?
ablmf
2011-12-15 03:47:07 UTC
view on stackexchange narkive permalink

De hele vraag is

Wat is de optimale framegrootte voor de tweede en derde generatie voorspellingsmethoden voor secundaire eiwitstructuren? Rechtvaardig je antwoord.

Ik herinner me dat het iets te maken heeft met de gemiddelde lengte van de alfa-helix. Meer specifiek 3 aan beide zijden van een site. Dus in totaal zou de framelengte 7 moeten zijn. Maar ik kan me de reden achter het argument niet herinneren.

Wat denk je?


Volgens wat mijn professor zei in de klas berust de 2e en 3e generatie van reconstructie van secundaire eiwitstructuren op statistische gegevens van verschillende opeenvolgende residuen. Ik denk dat wat hij bedoelde met "framegrootte", is met hoeveel aangrenzende residuen we rekening moeten houden in het algoritme.

Drie antwoorden:
#1
+11
Gergana Vandova
2011-12-15 03:57:19 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Met framegrootte bedoel je een schuifraam?

Ik weet dat als je een secundaire structuur van een transmembraaneiwit wilt voorspellen, je venstergrootte 20 aminozuren moet zijn (dit is het gemiddelde lengte van 1 transmembraan alfa-helix die door het membraan loopt).

Ik vond dit artikel van Chen, Kurgan en Ruan [1] .

Het zegt eigenlijk dat de venstergrootte hangt af van het soort patroon dat u zoekt, maar in het algemeen zouden 19 residuen optimaal moeten zijn.

Ook zijn secundaire structuurvoorspellers afhankelijk van vele kenmerken zoals hydrofobiciteit, ontbrekende coördinaten in röntgenstructuren, B-factoren, motieven, enz.


  1. Chen K, Kurgan L, Ruan J . 2006. Optimalisatie van de schuifvenstergrootte voor voorspelling van eiwitstructuren. CIBCB '06: 2006 IEEE Symposium on Computational Intelligence and Bioinformatics and Computational Biology, pp 1-7, 28-29, doi: 10.1109 / CIBCB.2006.330959.
Dat is het probleem van computationele biologie - soms is het moeilijk te achterhalen wat een term precies betekent. Maar ik denk dat mijn professor vroeg om algemene predicatie van de secundaire structuur van eiwitten, niet om transmemebraan-eiwit.
#2
+4
Larry_Parnell
2012-03-01 08:33:02 UTC
view on stackexchange narkive permalink

OK, dus 2 antwoorden, elk met betrekking tot verschillende eiwitsegmenten van verschillende typen / functies / structuren, maar geen antwoord raakt echt de kern van de vraag. Vanwege het huiswerklabel kom ik in de verleiding om niet te antwoorden - dit is iets dat de student zelf zou moeten bereiken. Dus ik zal een algemeen antwoord geven om je aan het denken te zetten. In wezen wordt zo'n waarde - of het nu 7 of 20 is voor topmanagers of 13 - empirisch bepaald.

#3
+3
shigeta
2011-12-15 04:40:35 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ik ontdekte dat 13 het beste werkte voor neurale netten en SVM-prestaties van secundaire structuurinformatie toen ik dit uitvoerde in R.

Enige reden erachter?


Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...